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如何进行基因检测

2016/11/16 发布:互联网

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  研究表明,转录因子(TF)对调节与维持细胞状态有重要作用,且是细胞编码重组的关键因素,因此可用来解释由细胞功能或活性丧失导致的疾病病因。

  在现阶段,研究由各种转录因子介导的染色体内及染色体间相互作用位点或染色质修饰复合物等方面的生物技术正在飞速发展,典型的方法包括ChIA-PET(配对末端标签测序分析染色质相互作用),3C(染色体构象捕获技术),4C(环形染色体构象捕获技术),5C(复制染色体捕获技术)等,这些技术都用于探究三维空间相近但实际位点相隔较远的成对基因座。另外,较新的Hi-C技术能准确地识别染色体的相互作用,但不能鉴别使染色体呈环的因子。另外,全基因组关联研究(GWAS)试图证明SNPs(单核苷酸多态性)普遍存在于疾病基因组中。最近来自ENCODE数据集的一项重要发现表明大多数与人类疾病有关的SNPs分布于或靠近ENCODE所标明的区域,这些区域位于基因蛋白编码区的外围。研究还发现这些与表型相关的SNPs往往分布于与转录因子结合的核小体松散区域(核小体由DNA和组蛋白构成,是染色体的基本结构单位)。相信结合GWAS分析、组蛋白修饰和转录基因的ChIP-seq等技术,全面绘出染色体相互作用的图谱,将会给人类疾病研究带来新的契机。

  说明:ChIA-PET技术是利用PET测序技术研究免疫沉淀后邻近式连接的DNA片段,以得到染色质相互作用的技术,PET测序技术的原理是打断基因成小片段,为片段末端添加接头,再高通量测序,对比参照基因组,以定位测序的DNA片段。局限性是只能检测依赖蛋白质因子的染色质相互作用。

  3C技术是甲醛固定细胞后,DNA或蛋白间的连接体也同时固定,用一种限制酶完全切割片段,再连接酶连接、拆分交联体,最后进行PCR测序。4C技术是已知一段与其他DNA作用结合的钓鱼序列;在3C基础上多了DNA环化和反向PCR的过程。5C技术是在构建3C库的基础上,利用通用引物进行多连接介导的PCR扩增测序。

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