美三家临床检测全基因测序覆盖度显著不一,数千基因未覆盖,或将导致临床假阴性问题

来源:医生在线 时间:2020/01/13 18:44 阅读:440
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在近日发表于临床分子诊断领域知名期刊Clinical Chemistry的一篇文章中,由美国德克萨斯大学西南医学中心(UTSW)领导的研究团队对来自美国三家主要临床实验室的36名个体的临床外显子组测序数据进行了调查,并与17,000多个已知的、完全测序的基因进行了比较。也就是说,在三家实验室的测序数据中,多达数千个基因没有得到全面覆盖或完全分析。研究人员最终得出结论:被调查的三家临床外显子组实验室中,基因完全覆盖的一致性较差,同时各实验室间的一致性程度差别较大。

该研究团队之所以开展这项研究,是因为他们认为,在临床基因测序中,检测质量的巨大差异是普遍存在的。但迄今为止,这些数据质量信息并没有得到充分记录或与临床医生共享。而基因覆盖率不足所导致的阴性外显子组检测结果,或许能在一定程度上解释,为何当前临床和研究环境中外显子组测序的诊断率均低于50%。

全基因测序覆盖度显著不一,数千基因未覆盖,或将导致临床假阴性问题

“许多采用这些检测的医生并不知道以上情况正在发生。”德克萨斯大学西南医学中心病理学系副教授Jason Park表示:“这些医生的很多病人都是神经系统疾病患儿,他们希望获得最完整的诊断检测。但医生没有意识到,全外显子组测序可能会漏掉一些更加靶向性的基因测试会发现的信息。”他进一步强调,当如此多的基因没有被彻底进行分析时,一个阴性的外显子组测序结果是没有意义的。

目前尚不清楚这些检测是否忽略了任何潜在的致病突变,但是当作者分析了数十种与癫痫相关的基因时,发现这些基因也缺乏一致的覆盖率。例如,一家实验室进行的几例病人检测全面覆盖了四分之三以上癫痫相关基因,但对于同一家实验室检测的另外3例病人样本,其中只有不到40%得到完全分析。

研究团队希望这一发现能够促使更多医生向实验室询问有关基因覆盖率的问题,并进一步提高检测质量的一致性,鼓励医生应在订购检测产品之前,慎重考虑全外显子组测序是否是患者的最 佳诊断手段。“临床外显子组检测在复杂的情况下可能会有所帮助,但是如果孩子患有癫痫并且没有其他复杂的临床问题,医生可能不需要进行这类检测。” 论文共同作者、UTSW儿科学助理教授Garrett Gotway表示,“外显子组检测很有可能再次呈现阴性,而父母们则仍将对孩子疾病的遗传基础感到疑惑。”在这种情况下,Garrett Gotway建议订购其他小型的基因检测,以完全分析与该疾病相关的一组基因。“它们价格便宜,并且或许能够帮助医生找到答案。”

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